En janvier 2007, LITEAU III a marqué l’ouverture d’une nouvelle phase de programmation. Un APR a entériné l’ouverture vers de nouvelles thématiques et une approche interdisciplinaire.

Les thématiques retenues sont :   Restauration   des   milieux   et   ingénierie   écologique ;   Aires  marines   protégées : délimitation  des  espaces  à  enjeux  patrimoniaux  et  effet  réserve ;  Définition  et  critères  du « bon  état  écologique » ;  Vulnérabilité,  adaptation  et  gestion  collective  des  risques  sur  le littoral ;  Gestion  Intégrée  des  Zones  Côtières.  Les  recherches  proposées  peuvent  inclure tous les espaces côtiers tempérés et tropicaux sous double influence marine et terrestre, en milieu ouvert ou protégé, comme défini ci-dessus. 

L’accent est mis sur les approches interdisciplinaires, l’implication des acteurs (institutions,  gestionnaires,  usagers),  l’articulation  avec  d’autres  programmes  nationaux ou européens et la reproductibilité des résultats.